Флуоксетин обычно хорошо переносится, но может вызывать различные побочные эффекты. В начале терапии часто наблюдаются тошнота, снижение аппетита, сухость во рту, диарея или запор. Со стороны нервной системы возможны головная боль, бессонница или сонливость, тревожность, головокружение. Характерным для Флуоксетина является возможное усиление тревоги в первые 2 недели лечения, что обычно проходит самостоятельно.
Более серьезные, но редкие побочные эффекты включают кожные аллергические реакции, нарушения зрения, сердцебиение, ортостатическую гипотензию. Со стороны психики возможно появление суицидальных мыслей, особенно у молодых пациентов в начале терапии. При длительном применении в редких случаях развивается синдром неадекватной секреции антидиуретического гормона. Любые необычные реакции требуют консультации с врачом.