Применение Флуцинара может вызывать местные и системные побочные эффекты. К местным нежелательным реакциям, возникающим нечасто, относятся атрофия кожи, телеангиэктазии (сосудистые звездочки), жжение, зуд, раздражение, сухость, контактный дерматит, фолликулит и гипертрихоз (избыточный рост волос). При нанесении на кожу лица или вокруг глаз возможно развитие периорального дерматита, а также повышение риска глаукомы или катаракты. При длительном применении на обширных участках, особенно у детей, возможна системная абсорбция с риском развития синдрома Иценко-Кушинга, подавления функции надпочечников, гипергликемии, артериальной гипертензии и задержки роста у детей. Для формы Флуцинар Н дополнительно существует риск ото- и нефротоксичности, связанный с неомицином.