Побочные действия Ко-тримоксазола могут затрагивать различные системы органов. Со стороны пищеварительной системы возможны тошнота, рвота, диарея, боль в животе, а в редких случаях – нарушение функции печени. Аллергические реакции проявляются кожной сыпью, зудом, крапивницей, в единичных случаях возможен отек Квинке. Со стороны системы кроветворения описаны случаи лейкопении, тромбоцитопении, агранулоцитоза и мегалобластной анемии. Со стороны нервной системы могут наблюдаться головная боль, головокружение, асептический менингит. При появлении любых нежелательных явлений следует немедленно обратиться к врачу.