Как и любой лекарственный препарат, Ксалатан может вызывать побочные действия. Наиболее частыми (очень часто) являются местные реакции: покраснение глаз, ощущение инородного тела, жжение, зуд. Важным и частым эффектом является постепенное увеличение коричневой пигментации радужной оболочки и изменения ресниц (потемнение, утолщение, удлинение). Эти изменения чаще возникают у людей со смешанным цветом глаз (например, зелено-коричневые) и могут быть необратимыми. К другим возможным нежелательным реакциям относятся конъюнктивит, отек век, светобоязнь, нечеткость зрения, головная боль, кожная сыпь. Полный перечень побочных действий приведен в официальной инструкции.