Наиболее частыми побочными эффектами при применении Пульмибуда являются кандидоз ротоглотки, умеренное раздражение слизистой оболочки горла, кашель, охриплость голоса, сухость во рту. У пациентов с ХОБЛ может повышаться риск развития пневмонии. Редко возникают реакции гиперчувствительности, включая сыпь, крапивницу, ангионевротический отек, бронхоспазм. Также возможны нервозность, возбудимость, депрессия, тошнота. При длительном применении высоких доз могут развиваться системные эффекты: подавление функции надпочечников, задержка роста у детей, катаракта, глаукома, снижение минеральной плотности костной ткани. Для профилактики кандидоза рекомендуется полоскать рот водой после каждой ингаляции, а для предотвращения раздражения кожи — мыть лицо после использования маски.