После перорального приёма брекспипразол быстро абсорбируется из желудочно-кишечного тракта. Максимальная концентрация в плазме крови достигается в среднем через 4 часа. Абсолютная биодоступность составляет 95,1%, а степень связывания с белками плазмы - свыше 99%.
Основной путь метаболизма - окисление в печени с участием изоферментов CYP3A4 и CYP2D6. Единственный циркулирующий метаболит, обнаруживаемый в плазме в значимых количествах, - DM-3411. Однако он не проникает через гематоэнцефалический барьер и не обладает фармакологической активностью в центральной нервной системе, поэтому не влияет на терапевтический эффект препарата.
Период полувыведения брекспипразола составляет около 91 часа, что обеспечивает стабильную концентрацию активного вещества и позволяет применять препарат один раз в сутки. Выведение происходит преимущественно внепочечным путём: около 46% дозы экскретируется через кишечник и 24,6% - почками.
У пациентов с умеренной или тяжёлой почечной или печёночной недостаточностью, а также у лиц с генетически обусловленным «медленным» метаболизмом по CYP2D6, системная экспозиция брекспипразола значительно повышена. В этих случаях требуется снижение дозы для минимизации риска побочных эффектов.